Моквский собор пользовался широкой известностью и часто посещался приезжими. В 1640 году здесь побывали русские послы и священник Павел Захариев, направлявшиеся к мингрельскому владетелю Левану II Дадиани. В своем отчете они записали: «...февраля на девятый день были мы в монастыре Моквском с Епископами Андреем и Максимом; показывали нам, Федоту да попу Павлу мученика Стефана Архидиакона: руки обе целые и ножные кости и крест того дерева, на котором Христос был распят».  Моквский собор имел большое значение для абхазов, здесь располагался монастырь и епископская кафедра, он служил местом погребения архиепископов. В XVII веке, когда турки захватили Абхазию, храм был разграблен. Исчезли напольные орнаменты, иконостас.   Много драгоценностей и святынь было вывезено из Абхазии и разошлось по разным местам. Так, серебряная икона Моквского храма оказалась в Хобском Успенском монастыре, старинное Евангелие и Псалтырь XI века на пергаменте - в Мартвильском монастыре, архиепископский посох - в Мцхетском соборе. В конце XVII столетия Моквский собор был покинут. Много драгоценностей и святынь было вывезено из Абхазии и разошлось по разным местам.

В XIX веке дорогу к храму приходилось прокладывать через густые леса. Известный кавказовед академик М. Броссе, посетивший Моквский собор в 1848г, писал: «Обширные размеры корпуса церкви, опутанного сетью ползучих растений, его кровля, превращенная в воздушный сад, его прекрасный купол, удлиняемый высокими стволами деревьев – все это приводит зрителя в удивление. Однако, к сожалению, осколки цветного стекла, остатки карнизов с замечательной резьбой, обрушившиеся паперти приводят посетителя в уныние». 

В 50 годах XIX столетия храм был отремонтирован, пол вымощен заново известняковыми плитами, с запада возведен придел, а на куполе сооружена маленькая ротонда. В результате этой реставрации сильно пострадал наружный облик храма - исчезли резные карнизы, черепичную кровлю заменили железной. Внутри храма тесаный камень стен покрыли штукатуркой, а росписи и мозаику в алтаре забелили. В этот же период собор был превращен в усыпальницу. Здесь похоронены последний владетельный князь Абхазии Михаил Шервашидзе, его сын Георгий, поэт и общественный деятель, многие абхазские военачальники.

В 1902 году монахини из Богодуховского монастыря Харьковской губернии основали Кавказский (Моквский) Успенский женский монастырь, а в 1920 году храм вновь подвергся разграблению. Было похищено и вывезено за границу принадлежавшее Моквской Архиепископской кафедре ценное Евангелие. Оно было написано в 1300 году на 328 листах и украшено миниатюрами и орнаментом, выполненными Моквским иноком Ефремом при Моквском архиепископе Данииле. В 80-х годах XX века Моквское Евангелие было возвращено в СССР, но было вывезено и хранится в рукописном отделе музея Искусств Грузии в г. Тбилиси, как и многие бесценные реликвии Абхазии.

В 1968 году широко отмечалось 1000-летие Моквского собора. К этой дате была проведена частичная реставрация. В 2002 году Моквский собор Успения Пресвятой Богородицы открылся вновь. При официальном открытии были отслужены всенощное бдение и Божественная литургия.На сегодняшний день службы в Моквском соборе проходят редко, однако двери храма всегда открыты.